血液透析和腹膜透析的疗效相近，但各有其优缺点，在临床应用中互为补充。
选择透析方式，要根据患者自身情况及两种透析方式的特点来定。绝大部分病人既适合做腹透，也适合做血透。少数病人存在血透或腹透的禁忌症，只能做腹透或血透。血透只有相对禁忌症，包括休克或低血压、严重活动性出血、严重心律失常等。而腹膜透析特别适用于老人、心血管疾病患者、糖尿病患者、儿童患者或作动静脉内瘘有困难者及居住地离医院较远、活动不便者。具体方式可以和医生商议后定。
需要注意的是，如果不是存在绝对的禁忌症，这两种透析方式可以相互转换，也就是说，血透的病人如果出现了严重的心律失常、心梗、活动性出血等情况时可以转至腹透;而腹透病人如果出现了反复发作或难治性腹膜炎时也可以转为血透继续治疗。