要提醒患者的是，肛周脓肿在切开排脓之后绝大部分将会自动形成肛瘘，这是疾病本身性质所决定的，与切开排脓手术操作无关，也就是说，如果您患了肛周脓肿，不论是哪位医生给您切开排脓后多半都会变成肛瘘，这并不是医生手术没做好。
形成肛瘘的几率这么大是因为绝大多数的肛周脓肿都是由于肛腺感染后所致。在离肛门口约2.5cm的肛管直肠交界处，有一种叫肛隐窝的小憩室，一般有6～8个，呈漏斗状，与细长的肛门腺导管相连，在肛门腺导管下方相连的就是肛腺。
肛腺行径弯曲、开口向上、口大底小，使得肛腺感染后炎性分泌物引流不畅，难以治愈。当肛周脓肿切开排脓后，创口会逐渐愈合，但由于引起肛周脓肿的肛门腺感染没处理，或者说难以确定，不好处理，因此当炎性分泌物达到一定量时就会在原切口溃破流出，反反复复，经久不愈而形成肛瘘，这时肛瘘就有了明确瘘管，顺着瘘道内口也因此而易于探及，此时手术也就能取得良好效果了。
有的医生在将脓肿切开、刮净脓腔壁后将皮肤作垂直褥式缝合，也有的采取将内口切开而不缝合皮肤等手术方式根治肛周脓肿，虽然有的也取得了可喜的效果，但因为复发率较高而痛苦而不为大多学者所赞同，因此对于肛周脓肿，目前常规的处理是先行切开排脓术，待2～3个月肛瘘形成后再做二期(即第2次)的肛瘘切除术或挂线术。
