全氟丙烷最主要的用途是做眼科玻璃体视网膜手术后的填充物。谢立科解释，全氟丙烷气体可以吸收空气及血液中氮、氧成分而膨胀，通过血液及眼内房水溶解排泄。同时因为全氟丙烷是惰性膨胀气体，可顶压脱落的视网膜，支撑视网膜复位，并限制增生的细胞和生长因子的活性，减少或防止出血，辅助患者术后视网膜的复位、愈合。因此，在玻璃体视网膜手术后使用符合标准的全氟丙烷气体进行玻璃体填充，对眼部无毒、无炎症反应，算是玻璃体视网膜手术的黄金搭档。
而在影像科，用人血白蛋白微球包裹的全氟丙烷是一种新型的超声造影剂。第二军医大学附属东方肝胆外科医院谭碧波等在《以全氟丙烷人血白蛋白微球注射液为造影剂的增强超声检查在肝脏占位性病变性质判断中的应用[J]》一文中提到，全氟丙烷人血白蛋白微球注射液能显著增强对左心室心内膜边界的识别，对肝、肾功能、血、尿常规及心电图无影响。该造影剂主要用于临床超声心动图检查和检查诊断肝脏占位性病变的良恶性。
全氟丙烷性质稳定，在人体内不会被代谢，此类药物静脉给药后，在6分钟~2小时内有大于给药剂量98%以上的试验药物经呼气而排出体外，检查者完全不用担心全氟丙烷停留体内会给身体造成伤害。
