羊肉片刚从水面浮起来就吃，口感确实很嫩，但未被充分加热的食材可能会带来寄生虫或细菌的污染。半生不熟的羊肉可能有旋毛虫，患旋毛虫病会引起十二指肠炎，出现恶心、呕吐、腹泻等症状。因此，在吃涮羊肉时，一定要把肉片煮熟煮透。
一般来讲，薄肉片在沸腾的锅中烫1分钟左右，肉的颜色由鲜红变为灰白，才可以吃。其他肉片要涮多长时间，要根据原料的大小及薄厚而定，总之一定要让食物熟透。因此，火锅中汤的温度要高，最好使它一直处于沸腾状态。
而且，据哈尔滨医科大学公共卫生学院专家曾做过相关实验，结果表明羊肉涮1~6分钟嘌呤含量降低，6分钟时降低最明显。另外，尤其易被忽视的是，不少人用夹完生肉的筷子再去夹碗里已经煮熟的食物，这样同样可能造成细菌污染，最好选择一双专门用来涮肉的公用筷，安全又卫生。
