消化内镜的出现让人们不用开膛就可取物的梦想得以实现。
由于消化内镜精细的检查功能，使其已成为消化道的首选和常规检查手段。针对不同病变，实施消化内镜下的微创治疗的情况也越来越常见，如消化道息肉切除、早期癌的内镜下切除、消化道黏膜下肿瘤的内镜下切除、内镜下止血等，还可针对消化道狭窄性病变，于内镜下实施扩张及消化内镜支架置入等，既帮患者解除病痛，也缓解患者痛苦。此外可配合超声内镜，将超声探头经消化道腔送达病变附近，对病变进行超声扫描，获得病变部位更为清晰的超声图像，使细小病变的辨别成为可能。
目前主要应用于消化道癌肿浸润深度的分辨、消化道黏膜下肿瘤的诊断、胆胰疾病的诊断等。