黄连素对痢疾杆菌的作用最强，常用于治疗细菌性胃肠炎、痢疾等消化系统疾病，几乎家家户户都备有此药，但是黄连素治腹泻只救急不救慢，即只适用于急性腹泻。
　　腹泻的原因比较多，总体分为感染性腹泻，即急性腹泻;非感染性腹泻，即慢性腹泻。而非感染性腹泻一般包括肠易激综合征、溃疡性结肠炎、内分泌疾病等都可以导致慢性腹泻。对于非感染性的腹泻、腹痛，服用黄连素毫无作用。
　　举个例子，肠易激综合征患者吃2~3片黄连素后，虽然腹痛、腹泻会消失，但这并非黄连素的作用，原因是肠易激综合征可自行缓解，只是病情会反复发作，其腹泻症状缓解与吃黄连素无关。
　　日常生活中，有的人为了避免腹泻，外出吃饭、游旅时，常会提前吃几片黄连素预防，这种做法是错误的。相反，提前吃黄连素可以说是一种对细菌的“挑逗”行为，会让细菌产生耐药性。而且预防性吃药的剂量通常不大，细菌在与药物抵抗中会使细菌的抵抗性由弱变强，有害无益。
　　另外，经常服用黄连素不仅容易产生耐药，还可能加剧腹泻、腹痛等不适，甚至对某些患者还会导致便秘。