事实上，PET-CT检查并不能检查出所有肿瘤。在对原发性肝癌的诊断上，PET-CT的效果就不佳。国家中西医结合肿瘤重点学科、南京军区福州总医院欧阳学农主任医师说。
判断是否为恶性肿瘤仍然只遵循一个“金标准”，即对病变组织进行病理检查。因为PET-CT检查花费大，辐射较大，在发现空腔脏器(如食管、胃、肠等)病变方面还有盲区，加上食物残渣及肠蠕动等原因，所以PET-CT不能代替胃镜与肠镜检查。
此外， PET的显像需要往身体注射放射性元素药物。若以60公斤体重为标准，则一次PET-CT扫描的有效辐射剂量在6.34毫西弗至9.48毫西弗之间，对身体是有一定损伤的。
