必须要彻底杀掉幽门螺杆菌，主要集中在6类人身上，即胃癌术后、患溃疡病、患萎缩性胃炎(尤其是异型增生者)、有胃癌家族史、患胃黏膜相关的淋巴瘤、胃有糜烂等长期胃部不适患者。
因为以上病患与幽门螺杆菌关系密切，接受根除治疗可有效防止或延缓疾病复发，尤其是可有效降低胃癌发生率。幽门螺旋菌的杀菌治疗，不提倡用单一的抗菌药物，因为它的治愈率较低且易产生耐药性。一般是服用1种PPI(埃索美拉唑、奥美拉唑、雷贝拉唑)或铋剂(枸橼酸铋钾、果胶铋等)+2种抗生素(通常是阿莫西林+克拉霉素等)需要连续服用7~14天，停药一个月后还要做呼气试验复查幽门螺旋菌。
需要强调的是，如果发现幽门螺杆菌结果是阳性，但没有胃疼、吐酸水、恶心、腹胀、消化不良等不适症状，不需要用任何药物治疗，这类患者被称为幽门螺杆菌的携带者。
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