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说起北医三院，人人都想起运动医学科，但北医三院神经内科在运动神经元病诊断方面在国内也是首屈一指。很多人从冰桶挑战开始认识“渐冻人症”，而现任神经内科主任樊东升教授团队已关注“渐冻人症”(学名运动神经元病)长达二十多年。
他从2004年开始就带领科室走上为渐冻人症病友服务的公益之路，建立了国内首家运动神经元病网，定期在医院开展“相约星期四”的服务病友活动，并于2011年牵头成立中国医师协会首家渐冻人救助服务基地，为病友进行心理和治疗方面服务。
其他：复旦大学附属华山医院神经内科由张沅昌教授创立;北京协和医院神内科在国内最早诊断并报告高钾性周期麻痹，并在70年代首先报道国产硝基安定和氯硝安定对癫痫的治疗作用。 　

        妇产科
    　主要疾病：卵巢癌，子宫内膜癌，卵巢囊肿，多囊卵巢综合征，子宫颈癌等
入榜医院：北京妇产医院、通州区妇幼保健院、密云县妇幼保健院
时报导医：
北京妇产医院产科(围产医学科)自1959年建科以来一直是北京市分娩数量最多、高危妊娠患者集中的科室，对围产期保健，尤其是妊娠期高血压疾病、妊娠期糖尿病等产科合并症、并发症病人诊疗及抢救有独到见解。1998年3月，该院率先开展康乐陪伴分娩，为孕产妇提供生理、心理、体力的全面支持。
北京妇产医院妇科主任医师郭银树表示，医院一直遵从微创和无创理念。在保证患者病情安全的前提下，尽可能减少治疗给患者带来的痛苦。
比如，人们熟知的腹腔镜可能是一个微创手段，但如果病人不适合，于病人来讲就是巨创，微无创正是这样一种理念，郭银树医生解释说。此外，北京妇产医院新引进的HIFU技术更帮助患者保证了治疗时的完全无创。
该院妇科接收的患者一般都是被其他医院拒绝的疑难杂症。不久前，一位来自新疆的女孩来挂北京妇产医院妇科主任段华教授的号。经检查，这个女孩患先天性阴道闭锁合并部分宫颈闭锁，但子宫发育正常。女孩到青春期后，子宫会正常排卵产生月经，但是阴道闭锁致经血不能流出，只能手术治疗再造阴道口。
这个手术需要段华教授在腹腔镜下操作，首先把患者阴道打开，人工做出阴道口，再把宫腔内的月经血引出来，放置囊球、支撑，最后放置模具，这样2~3年后病人便可治愈。
通州妇幼保健院擅长妇科手术及恶性肿瘤的治疗，开展了卵巢癌全面分期手术、经阴道全子宫切除术、子宫肿瘤摘除术和异位妊娠保守手术等。尤其对恶性滋养叶细胞肿瘤的诊断与治疗，具有较高水平，该院在急腹症、生殖道畸形矫正方面也颇有造诣。北京市密云县妇幼保健院是一所集预防、保健、医疗、科研为一体的二级甲等医院，承担全县妇女儿童保健等工作任务，拥有国家授予的“爱婴医院”荣誉。
其他：业界“北林南王”中“北林”指的就是我国妇产科医学大师、已故北京协和医院林巧稚教授，而如今的北京协和医院妇产科也是人才辈出，有郎景和院士、谭先杰教授等妇产科名医坐镇出诊，该院沈铿教授是现任中华医学会妇科肿瘤分会主任委员，与郎院士同被誉为协和妇科肿瘤两把“神刀”。北医三院生殖医学中心，诞生中国大陆第一例试管婴儿，该中心也是目前全球最大的生殖医学中心之一。

       消化内科
       主要疾病：胃炎、胃病、溃疡性结肠炎、反流性食管炎、胰腺炎、胆结石等
入榜医院：北医三院、友谊医院、协和医院
时报导医：
自建院以来，北医三院消化科一直以专科小组的形式进行医教研工作。早在1992年，林三仁教授和周丽雅教授就进行了国内首例对于直径小于2cm黏膜层早期胃癌镜下黏膜切除术。该院内镜下胃造瘘术也属国内领先。林三仁教授是我国著名消化病专家，擅长胃癌和溃疡病治疗。由林三仁负责的“胃癌早期诊断新方法的研究”连续获得国家七五、八五攻关课题。此外，北医三院在实验室方法诊断胃癌发面也开创了新途径，利用血清及胃液自发荧光光谱诊断消化道肿瘤。
目前，该院消化科在周丽雅主任的领导下，在幽门螺杆菌感染和个体化治疗、胃食管反流病规范化治疗、早期消化道肿瘤的内镜治疗等都位于领先地位。同时在疑难胆胰疾病的内镜诊治、炎症性肠病、胃肠动力疾病的规范化诊治方面也有独到之处。
友谊医院消化内科以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入(微创)诊断与治疗为特色，是首都医科大学消化病学系挂靠单位，在国内消化内科领域处于领先地位。临床侧重于消化内镜介入(微创)诊断与治疗，如早期癌的内镜下切除，晚期癌的支架置入，肝硬化出血的结扎和硬化。值得一提的是，北京友谊医院副院长张澍田是国家消化系统疾病临床医学研究中心主任，在国内首次提出胃底静脉曲张可内镜下结扎治疗，且正在牵头制定《中国消化系统早癌诊治指南》。
北京协和医院消化内科由中国胃肠病学创始人张孝骞教授创建，科室擅长克罗恩病、溃疡性结肠炎等疑难病的诊治。20世纪70年代，陈敏章教授就创建了消化内镜中心。北京协和医院是全国疑难病诊治中心，消化内科先后诊治并报道了多例罕见病：包括C1酯酶抑制物缺乏症、腹茧症、变应性血管性肉芽肿、免疫相关胃肠道疾病等。由北京协和医院消化内科陆星华教授牵头的课题组将内镜超声应用于胰腺癌诊断和治疗的实践堪称创举。
其他：第四军医大学西京医院(西安)消化病医院院长、中国工程院院士樊代明是中华医学会消化病学分会主委，在胃癌早期诊断方面取得国际瞩目成果。第二军医大学长海医院消化科是全军消化疾病专科中心，胰腺疾病诊治具有优势。中国科学院汪忠镐院士在二炮总医院成立了我国首家胃食管反流病专病中心。