肛管癌占全部大肠癌的1%左右，肛管癌的具体的发病因素并不清楚，其中人类乳头瘤病毒（HPV）的感染是肛管癌最重要的发病因素。其他的可能原因包括患者的免疫功能低下、局部刺激、慢性感染。

    HPV感染与肛管癌密切相关。HPV感染是最重要的致病原因。在HPV的众多亚型中，HPV-16与肛管癌的关系最为密切。在肛管的鳞癌癌中HPV-16的阳性率有文献报告可以达到56%，应用分子技术，相当多的肛管癌可以检测到HPV的遗传物质。

    患者的免疫功能与肛管癌有明显的相关性，爱滋病患者的肛管癌发病率明显增加，在同性恋男性危险度是常人的14倍，而男性同性恋合并爱滋病患者危险度是常人的84倍。患者危险度的增加一般认为可能是因为患者免疫功能低下的原因，在这种情况下增加了HPV的易感性，同样在进行肾移植的病人肛管癌的危险明显增加，是普通人群的100倍。放射治疗是肛管癌的危险因素，可能是因为免疫抑制的原因。

肛门周围的慢性疾病、局部刺激和损伤人群中肛管癌的危险度较普通人群明显增加。有研究显示41%的患者在出现肛管癌之前存在肛瘘和其他良性疾病，但是这些疾病与肛管癌的直接关系还存在争论。